Po panenském ostrově Madagaskaru a širých afrických pláních si budou klestit cestičku k domovu džunglí evropských velkoměst. Rafinovaným tučňákům se s pomocí hrubé šimpanzí síly podařilo opravit letadlo, ve kterém naši hrdinové havarovali během přeletu z Madagaskaru do Afriky, a vyrazili si užívat do kasina v Monte Carlu.

Je to elitní agentka organizace na odchyt zvěře, pro kterou je její práce posláním. Představa, že svůj životopis vyšperkuje ulovením žirafy, lva, zebry a hrošice ji dovádí až k nadlidskému úsilí a k rozhodnutí dostat se jim na kobylku za každou cenu. V Africe se schovali celkem snadno, na civilizovaném světadíle jim poskytne jediné maskování kočovný cirkus, který se po evropské šňůře chystá i do New Yorku. Jenže staňte se cirkusáky, když nic zvláštního neumíte… Tenhle zpáteční lístek vyjde Martyho, Melamana, Glorii a Alexe hodně draze.
I když se předchozí díly Madagaskaru svým pojetím humoru asi nejvíc ze současných animovaných filmů blížily grotesce, tvůrci tvrdí, že by byla chyba stavět film Madagaskar 3 pouze na vtipech.
Režisér filmu Madagaskar 3 Tom McGrath tvrdí: „Je potřeba, aby příběh dostal emocionální kostru, která ho ponese. Pokud pouze slepíte dohromady spoustu vtipných scén, chybí vám spojovací materiál a nemáte na čem stavět.“
I proto se hrdinové Madagaskaru 3 objeví v úplně novém prostředí s novými hrdiny, i proto se budou prohánět po evropských metropolích, i proto proti nim stane dosud největší nepřítel, i proto budou premiérově ve 3D.